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  • lncRNA/circRNA/trf RNA 功能分析實驗

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    lncRNA/circRNA/trf RNA 功能分析實驗

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     功能實驗
    1、LncRNA定量PCR
    2、LncRNA原位雜交
    3、5’-RACE, 3’-RACE實驗(lncRNA全長擴增實驗)
    4、lncRNA干擾實驗
    5、lncRNA過表達實驗
       需要先通過5’-RACE實驗找到lncRNA轉錄起始位點
    6、lncRNA細胞功能實驗
       細胞增殖、細胞凋亡、細胞周期、細胞遷移
     
    生物信息學分析
    一、差異lncRNA靶基因預測
    lncRNA的靶基因較為復雜,主要分為正式和反式兩種作用機制.lncRNA作用機制與miRNA類似,均可以通過調控相應的mRNA來行使功能,所以靶基因的預測在科學研究中都顯得非常必要。
    二、靶基因Gene Ontology分析
    我們將靶基因向gene ontology數據庫的各節點映射,計算每個節點的基因數目.
    三、靶基因Pathway分析
    信號通路分析需要完備的注釋信息支持,通過整合KEGG、Biocarta、Reactome等多個數據庫的信息可以精確檢驗來進行Pathway的顯著性分析。
    四、lncRNA與調控基因的表達機制
    通過整合lncRNA的信息和靶基因之間的關系,我們可以得到一個lncRNA與靶基因之間的調控網絡圖.
    五、 轉錄因子結合位點預測
    對于差異表達lncRNA,提取轉錄起始位點上下游序列,使用預測程序對其轉錄因子結合位點進行預測.
    六、基因關聯分析
    現在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表達探針,通過將lncRNA的靶基因分析結果與芯片上mRNA的表達結果做關聯分析,可以更進一步的分析lncRNA的功能。
    七、信號通路調控網絡構建(Pathway-Act-Network):
    實驗中基因同時參與了很多Pathway,通過構建信號通路調控網絡,從宏觀層面看到Pathway之間的信號傳遞關系,在多個顯著性Pathway中發現受實驗影響的核心Pathway,以及實驗影響的信號通路之間的調控機理。
    八、lncRNA的功能分析
    根據lncRNA最新的功能數據庫,利用生物信息學工具,做出Function-Tar-Net圖表,從而得出lncRNA與功能的關系。


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