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  • 表達譜芯片數據分析,microRNA芯片數據分析

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    表達譜芯片數據分析,microRNA芯片數據分析

    表達譜芯片數據分析,microRNA芯片數據分析,LncRNA芯片數據分析,DNA甲基化芯片數據分析,SNP芯片數據分析,RNA-seq數據分析,microRNA-seq數據分析)
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           本公司具體經驗豐富的生物信息學分析人員,可為客戶提供芯片(基因表達譜芯片,mciroRNA芯片,長鏈非編碼芯片,DNA甲基化芯片,chip-on-chip, microRNA-Seq,RNA-Seq數據深入挖掘分析)。

    1、mRNA表達譜芯片分析項目
    a)針對單組樣本時間序列實驗設計的數據分析包括基因聚類分析、共表達分析。
    b)針對兩組樣本時間序列實驗設計的數據分析包括差異時間表達模式基因篩選。共表達網絡分析包括共表達網絡構建、子網絡聚類、子網絡GO和KEGG Pathway的富積分析。
    d)轉錄調控網絡分析包括轉錄因子與靶標基因調控網絡構建、差異基因在網絡中的映射展示。
    e)差異表達基因與microRNA關聯分析包括預測microRNA的靶標基因、尋找靶標基因與差異表達基因相關關聯的microRNA。

    2、microRNA表達譜芯片分析項目
    a)差異表達microRNA的篩選和聚類分析
    b)microRNA靶基因預測
    c)microRNA與靶標基因的調控網絡構建
    d)microRNA與編碼蛋白基因共轉錄預測
    e)microRNA與GO的調控網絡構建
    f)microRNA與KEGG Pathway的調控網絡構建
    g)microRNA甲基化位點預測
    h)microRNA轉錄因子結合位點預測
    i)microRNA與轉錄因子相互調控網絡構建
    j)轉錄因子與microRNA靶標基因調控網絡構建
    k)microRNA 、轉錄因子與靶標基因三者復雜調控網絡構建

    3、長鏈非編碼表達譜芯片分析項目
    ①共表達網路構建
    計算LncRNA與mRNA表達相關性,根據設定的域值篩選lncRNA與mRNA關系對,構建LncRNA與mRNA共表達網絡。
    ②lncRNA靶基因預測
    基于lncRNA與mRNA表達相關性以及lncRNA與mRNA基因組位置近鄰關系,得到lncRNA的潛在靶標基因。
    ③lncRNA靶基因GO-Analysis基因功能顯著性分析
    結合基因功能數據庫,并且通過分布統計計算,對差異表達的lncRNA靶標基因進行功能注釋以及功能富集分析,可以快速準確發現目標基因群的核心功能。
    ④lncRNA靶基因Pathway-Analysis信號通路顯著性分析
    結合KEGG數據庫,對差異表達的lncRNA靶標基因信號通路顯著性分析,從而找到研究中發生顯著變化的信號通路。
    ⑤局部共表達網絡構建
    研究lncRNA與mRNA的共表達網絡的拓撲學特性,基于度篩選網絡拓撲上重要的lncRNA,這些lncRNA極有可能是與研究背景相關的lncRNA,如下是重要lncRNA與mRNA的局部共表達子網絡
    ⑥目的基因共表達網絡構建
    客戶提供研究背景相關一組基因,根據表達相關性找出與這組基因相關的lncRNA,從而構建出感興趣的共表達網絡。
    ⑦差異lncRNA調控分析
     LncRNA的分布特異性與時空特異性表明lncRNA轉錄過程也是受到嚴格調控的。通過提取差異lncRNA轉錄啟位點上游4kb,下游1kb的區域,進行轉錄因子結合位點及CpG島預測,從而發現可能調控LncRNA轉錄因子及可能的甲基化位點。

    4、mRNA和microRNA表達譜芯片整合分析
    a)利用Multi-Class Dif (RVM-F test)統計檢驗篩選差異表達microRNA、mRNA
    b)利用TargetScan等軟件預測差異表達microRNA的靶標基因
    c)利用DAVID軟件對差異表達microRNA的靶標基因進行GO功能集和KEGG Pathway的功能富積分析,篩選具有顯著GO功能集和KEGG Pathway的功能富積的靶標基因,篩選靶標基因與其microRNA表達顯著負相關性,最后構建microRNA-Gene調控網絡。
    d)利用結合轉錄因子與DNA結合位點的序列特征和轉錄因子與microRNA表達相關性的顯著性方法構建轉錄因子與microRNA的調控關系網絡,篩選重要轉錄因子(網絡度大于等于10)。構建TF-microRNA-Gene的調控網絡

       




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