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    RNA-Seq de novo 數據分析服務

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    生物信息分析服務結果報告
    1、 原始數據產出統計
    2、過濾掉低質量reads后的數據統計
    3、高級生物信息分析結果報告
          利用Trinity (Version: r2011-08-20) 進行de novo assembly, Trinity參數:--min_kmer_cov 2 -- min_contig_length 100 --run_butterfly。拼接后的轉錄本,通過PERL腳本去冗余,在同一個component ID的序列中選擇最長的一個isoform代表該locus的轉錄本,得到Unigene集。
    3.1、 Unigene長度分布統計
    3.2、基因注釋
    3.3、對Unigene進行蛋白預測
    3.4、Unigene的GO功能分類
    3.5、Unigene的COG功能分類
    3.6、 Unigene表達差異分析
    3.7、 GO功能顯著性富集分析
    3.8、差異表達基因GO功能分類與比較
    3.9、Unigene的KEGG信號通路分析
    3.10、ko功能顯著性富集分析
    4、分析方法備注
          解壓縮文件:
          為方便下載,所有文件都在linux下使用“tar –zcvf”壓縮后上傳,后綴為.tar.gz。這些文件可以用   以下方法解壓縮:
         Unix/Linux用戶: tar -zxvf *.tar.gz
         Windows用戶: 推薦使用winRAR軟件
         Mac用戶: shell: tar -zxvf *.tar.gz或者推薦使用stuffit expander
    注意:本公司生物信息專員具體豐富的數據分析經驗,分析過多種物種的RNA-Seq數據。數據分析部經理的RNA-Seq分析文章發表于BMC雜志(第一作者)。

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