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    單細胞全長轉錄測序

    單細胞測序只能從 cDNA 模板的一端產生短讀長數據,從而限制了序列完整性的重建。單細胞全長轉錄組測序利用Nanopore長讀長實時測序技術結合10X單細胞測序技術可以直接讀取帶有細胞標簽的全長cDNA序列。此方法獲取單個細胞中所有ployA+ RNA分子的全長序列,從而識別各種細胞亞型中可變剪切轉錄本(isoform)類型及豐度。
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           單細胞測序只能從 cDNA 模板的一端產生短讀長數據,從而限制了序列完整性的重建。單細胞全長轉錄組測序利用Nanopore長讀長實時測序技術結合10X單細胞測序技術可以直接讀取帶有細胞標簽的全長cDNA序列。此方法獲取單個細胞中所有ployA+ RNA分子的全長序列,從而識別各種細胞亞型中可變剪切轉錄本(isoform)類型及豐度。

    實驗流程


    研究案例
    High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing (Nat Commun,IF: 16.6  Q1)
           基于液滴的高通量單細胞分離技術極大地提高了單細胞轉錄組分析實驗的通量。然而,但基于短讀測序只能分析轉錄本的一個末端序列。本研究介紹了一種結合牛津納米孔測序和獨特的分子標識符的方法,通過10xGenomics單細胞分離系統獲得糾錯的全長序列信息。此方法可以在單細胞水平上檢查不同的RNA剪切和RNA編輯。

    圖1 基于Illumina基因表達和Nanopore可變剪切轉錄本表達量的t-SNE圖

    圖2 神經元成熟過程中Clta可變剪切轉錄本t-SNE圖


    本公司單細胞測序分析內容:

    • 測序數據及細胞質控過濾

    • 細胞注釋(mRNA/lncRNA)

    • UMAP可視化

    • 基因可視化

    • 可變剪切分析

    • 差異分析

    • 基因GO/KEGG分析

    • GSVA/GSEA分析

    • 轉錄因子活性分析

    • 偽時序分析

    • RNA速率分析

    • 細胞通訊分析

    • 浸潤分析


    分析結果可視化結果



     
    圖1 PCA聚類分析                圖2 UMAP細胞聚類

       
    圖3 鑒定到marker基因               4 注釋細胞類群

     
    圖5 細胞間通訊分析                 圖6 擬時序分析
       
     圖7 R
    NA速率分析          8 轉錄因子活性分析

    圖9 各細胞亞型中差異表達基因及可變剪切轉錄本

    送樣要求:
           新鮮組織、血液樣本、單細胞懸液寄送:


    組織樣品

    血液

    單細胞懸液

    樣品量

    組織>0.2g

    人4mL,鼠1-2mL

    細胞量>10^6

    保存

    組織保存液
    保證浸沒組織樣品

    抗凝管

    自選緩沖液

    運輸

    冰袋運輸4℃左右
    36 小時內送達

    冰袋運輸4℃左右
    4小時內送達

    冰袋運輸4℃左右
    2小時內送達

    參考文獻
    Lebrigand K, Magnone V, Barbry P, Waldmann R. High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing. Nat Commun. 2020;11(1):4025. Published 2020 Aug 12. doi:10.1038/s41467-020-17800-6 
    IF: 16.6  Q1


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