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    活躍翻譯組測序Active Ribo-seq

    識別處于翻譯轉態的RNA分子,準確描繪翻譯中的核糖體圖譜
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          常規翻譯組(Ribo-seq)可通過高通量測序技術對正處于翻譯狀態的mRNA進行研究,可以間接反應蛋白質的表達水平?;钴S翻譯組(Active Ribo-seq) RiboLace技術是利用一種能結合處于翻譯活性狀態核糖體結合的嘌呤霉素的類似物3P,并通過pull down 分離活躍狀態的核糖體,但不會分離翻譯停滯狀態的核糖體?;钴S翻譯組可以用于研究細胞,組織樣本中mRNA翻譯狀態,并預測蛋白表達水平。

    技術優勢
    1. 識別處于翻譯轉態的RNA分子,準確描繪翻譯中的核糖體圖譜
    2. 樣本量要求更低,可低至單細胞水平
    3. 高精度的活躍核糖體圖譜,達到單堿基分辨率

    實驗流程



    研究案例
    單細胞轉錄組和翻譯組學跨組學聯合揭示人卵母細胞成熟的潛在機制
          將轉錄組和翻譯組跨組學聯合分析比單獨使用轉錄組更準確,特別是在哺乳動物卵母細胞這類受翻譯調節控制的細胞類型。在這項研究中,研究者結合了RiboLace和轉錄組測序,揭示了小鼠和人類卵母細胞之間不同的翻譯表達模式,并闡述了人類卵母成熟過程中從細胞質到細胞核的時空順序調節,還發現了OOSP2誘導因子在人卵母細胞成熟中的作用。針對單卵母細胞RiboLace和轉錄組測序分析進一步闡明,OOSP2通過翻譯調節誘導包括了小GTP酶的特異信號通路。



    圖1 A. 活躍翻譯組Ribo-seq重復相關性散點圖 B.P-sites 在基因上分布圖 C.P-sites在翻譯起始位點區域密度分布圖


    圖2  A. 轉錄組與活躍翻譯組聯合分析RPKM熱圖  B. 差異翻譯效率基因聚類圖


    分析內容
    數據質控
    基因比對與統計
    RPF長度分布
    全基因組翻譯活性分析
    差異翻譯效率基因分析
    差異基因GO分析
    差異基因KEGG分析

    送樣要求:
    活躍翻譯組:1×106細胞,50mg組織


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