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    m7G RNA甲基化測序服務

    英拜生物可為客戶提供m7G meRIP-seq、 m7G TRAC-Seq測序服務,在轉錄水平全面研究tRNA, mRNA發生m7G的片段或位點。
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            m7G甲基化(N7-甲基鳥苷)是存在于tRNA、rRNA和mRNA 5’cap中最豐富的修飾之一,在調控RNA加工、代謝和功能方面具有重要作用。除了存在于mRNA 5’帽子位置,最近Cell、Mol Cell等雜志文章研究表明m7G也存在于mRNA內部區域【1,2】,m7G作為一種新的表觀轉錄組修飾在mRNA翻譯過程具有重要調節作用。英拜生物可為客戶提供m7G meRIP-seq、 m7G TRAC-Seq測序服務,在轉錄水平全面研究tRNA, mRNA發生m7G的片段或位點。

    實驗流程


    研究案例
    一、QKI將內部發生m7G修飾的轉錄本送入應激顆粒并調節mRNA代謝(Cell,2023)
            研究人員發現mRNA內部的m7G可被Quaking蛋白(QKIs)選擇性地識別。通過m7G meRIP-seq、RIP-Seq篩選分析,作者鑒定到1000多個的高置信度m7G修飾和QKI結合的mRNA結合位點,這些位點具有保守的 "GANGAN(N=A/C/U/G)"motif序列。更為重要的是,在應激條件下,QKI7(通過C端)與應激顆粒(SG)核心蛋白G3BP1相互作用,并將內部發生m7G修飾的轉錄本穿梭到SG中,以調節mRNA的穩定性和翻譯。QKI7通過減弱了Hippo信號通路中重要基因的翻譯效率,使得癌細胞對化療敏感??偟膩碚f,作者發現一種RNA修飾調控新途徑:QKI通過結合mRNA 內部m7G修飾位點從而調節目標mRNA的代謝和細胞耐藥。

    1、細胞質mRNA內部具有豐富的m7G RNA甲基化修飾


    2、QKIs是mRNA內部m7G甲基化修飾的結合蛋白


    3、應激條件下QKI6, QKI7與已經蛋白G3BP1結合


    4、應激條件下QKI7將內部發生m7G修飾的mRNA運送至應激顆粒


    5、應激條件下QKI7調控內部發生m7G修飾的mRNA穩定性及翻譯效率

         


    二、METTL1介導的Arg-TCT tRNA m7G修飾驅動癌基因翻譯(Mol cell, 2021)
            RNA甲基轉移酶METTL1催化tRNA發生N7-甲基鳥苷(m7G)RNA甲基化修飾。作者發現METTL1敲除會導致m7G修飾的tRNA豐度降低,并抑制致癌。相反,METTL1過表達會誘導致癌細胞生長和腫瘤進展。在分子機制方面,作者發現m7G修飾的tRNA豐度增加,特別是Arg-TCT-4-1,促進富含相應AGA密碼子的mRNA翻譯。并且單個tRNA Arg-TCT過表達會誘導腫瘤惡化。METTL1介導的tRNA修飾通過重塑mRNA "translatome "來增加促生長蛋白的表達,從而驅動致癌轉化,表明該分子是一個很有前景的抗癌靶點。

    1、METTL1促進腫瘤細胞生長及成瘤


    2、METTL1敲除減少m7G修飾 tRNA表達水平并影響RNA整體翻譯


    3、METTL1/WDR4過表達促進m7G修飾的Arg-TCT tRNA豐度增加



    4、Arg-TCT tRNA 促進腫瘤進展



    樣本
    提供2-10ug mRNA或100ug的總RNA。


    生信分析內容

    • 數據過濾和質量控制

    • 基因組比對(Mapping)

    • Peak Calling

    • Peak 注釋

    • Motif分析

    • 組間差異Peak分析、注釋

    • 差異基因GO/KEGG分析


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